У склопу мониторинга обављају се послови планирања развоја и надзора над функционисањем државне мреже станица за мониторинг квалитета вода. Врши се узорковање површинских и подземних вода, презервација узорака, теренско физичко-хемијска и хемијска анализа узорака вода. Такође врши се узорковање вода за потребе микробиолошких анализа и учествује у узорковању узорака за потребе одређивања параметара који су индикативни за све биолошке елемената квалитета и у узорковању за параметре који су индикативни за све хидроморфолошке елемента квалитета.